Budidaya menghasilkan sejumlah besar limbah, terdiri dari metabolisme oleh-produk, makanan sisa, materi
feses dan residu dari masukan profilaksis dan terapeutik, mengarah pada penurunan kualitas air dan wabah
penyakit. Bioremediasi, aplikasi mikroba / enzim untuk tambak, adalah metode yang sedang digunakan untuk meningkatkan kualitas air dan menjaga kesehatan
dan stabilitas sistem akuakultur. Bioremediasi melibatkan mineralisasi bahan organik menjadi karbon
dioksida, memaksimalkan produktivitas primer yang merangsang produksi udang, nitrifikasi dan denitrifikasi
untuk (1) menghilangkan kelebihan nitrogen dari tambak dan (2) mempertahankan beragam dan stabil
masyarakat kolam dimana patogen dikeluarkan dari sistem dan spesies diinginkan mendapatkan didirikan.
Selain dari bahan organik merendahkan (detritivorous) bakteri heterotrofik, nitrifikasi, bakteri denitrifikasi dan
fotosintesis umumnya digunakan dalam bioremediasi.